相比中空纖維膜生物反應器，柔性平板膜生物反應器可以在更高的活性污泥濃度下保持高通量（通量即膜的產水量）的穩定運行，對預處理的要求較低。
在實際使用的過程中，盡管預處理設施中會有格柵，除毛機等設備，但曝氣池中還難免進入一些諸如毛發之類的物體。
中空纖維膜生物反應器運行時在曝氣的狀態下膜絲始終處于一個抖動的狀態，于是這些毛發很容易使膜絲纏繞在一起，當污泥濃度達到一定程度，就會出現泥坨，使越來越多的膜絲纏繞在一起，大大減少了中空纖維絲的有效膜面積，引起膜通量的急劇下降，而且此類問題也很難修復，通常只能更換。
柔性平板膜生物反應器的適用活性污泥濃度（MLSS）范圍在6000-15000mg/L，遠遠高于中空纖維膜生反應器，柔性平板膜組件的結構是多片膜片排列組裝而成，實現了膜片之間間隙可控，便于氣液混流對膜面進行在線清洗，抗污染性能優越。
此外，柔性平板膜生物反應器可以通過調節組件底部的曝氣強度，通過氣水混合物在膜片表面的沖刷作用，很好的清除膜表面的附著物，即便由于短期內污泥粘度過大等因素在膜表面產生了淤積的情況，也可以將膜片單片取出，通過低壓水槍沖洗的方法去除后組裝回膜組件內，使得膜能長期有效的運行，而中空纖維則不可能通過這種方法清洗。
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